«Pendant des siècles, la Médecine s’est préoccupée de soigner. Aujourd’hui elle s'est donnée comme but de prévenir plutôt que de guérir.»
Pr Jean Dausset, Prix Nobel de Médecine, 1980
La Fondation Jean Dausset - Centre d’Etude du Polymorphisme Humain participe aux efforts nationaux et internationaux de recherche pour mieux déterminer le rôle du polymorphisme génétique chez l’Homme, tout particulièrement dans les maladies complexes, pour mieux les comprendre, les diagnostiquer et participer au développement d’une médecine personnalisée.
Présentation Principales collections Activités Réseau Valorisation

Présentation des activités du CRB


Le CRB de la Fondation Jean Dausset - CEPH a été certifié conformément aux normes ISO9001 : 2015 et NF S96-900,
le 31 mars 2017, pour ses activités de réception, traitement, conservation, mise à disposition de ressources biologiques d'origine humaine.


La biobanque du CEPH est un Centre de Ressources Biologiques (CRB) à grande échelle qui reçoit des prélèvements humains, sangs frais ou congelés, tissus, culots cellulaires, sérums ou plasmas, lignées cellulaires, prélèvements buccaux ou ADN afin de stocker et/ou transformer les matériels biologiques, en vue de projets de recherche et de distribution immédiate ou ultérieure aux collaborateurs.

Plusieurs dizaines de milliers d’échantillons sont reçus chaque année dans le cadre de nombreux programmes. Le nombre de prélèvements à traiter, et la diversité des projets de recherche pour lesquels les échantillons sont pris en charge, nécessitent une expertise technologique et une grande standardisation. Une validation technique des protocoles, associée à l’utilisation d’une base de données développée et adaptée à l’activité, ainsi que des procédures d’assurance qualité, mises en place depuis la réception des échantillons biologiques jusqu’à l’envoi des échantillons transformés aux centres demandeurs, garantissent la traçabilité, la reproductibilité et une bonne qualité des matériels biologiques. Le manuel qualité du CRB est disponible sur demande auprès du .



Les principales collections


Le CRB conserve, maintient et distribue à la communauté scientifique internationale les ADN :

Par ailleurs, le CEPH a constitué dans les années 1990-2000 une collection française de prélèvements biologiques (ADN, cellules, plasma) de personnes très âgées : nonagénaires et leurs enfants appartenant à des fratries, et centenaires non apparentés. Le CRB héberge également les ADN du programme européen GEHA (Genetics of Healthy Aging) dans lequel il a été partenaire.

Le CRB met en place des collections en collaboration avec des équipes de recherche en proposant aux investigateurs son support logistique.

Les prélèvements d’une cohorte de plusieurs milliers d’échantillons collectés dans le cadre d’un essai clinique mené par l’INCa sur le cancer du sein, SIGNAL, ont ainsi été traités et sont conservés dans le CRB.

Le CRB a assuré la préparation des échantillons biologiques testés dans le programme européen CAGEKID (CAncer GEnomics of KIDney).

Le CRB est impliqué dans la mise en place de la collection d’échantillons biologiques de l’étude COBLAnCE financée dans le cadre des « Investissements d’Avenir ».

Visualiser le catalogue des échantillons biologiques conservés dans le CRB, classés par thématique.

Les activités du CRB


Le CRB travaille, à chaque étape du processus, en étroite collaboration avec le coordinateur de l’étude, de manière à mettre en place des collections de matériels biologiques de qualité associés à des données fiables et à permettre des analyses ultérieures pertinentes.

La réception des échantillons
Le CRB reçoit des prélèvements transportés de manière à conserver l’intégrité des matériels biologiques en utilisant des conditionnements et moyens de transport conformes à la réglementation internationale en vigueur. Chaque prélèvement réceptionné est contrôlé puis enregistré dans la base de données du CRB.


Les transformations des matériels biologiques
Toutes les opérations de transformation d’un échantillon biologique en produits dérivés sont enregistrées dans la base de données du CRB. Chaque matériel transformé fait l’objet d’une nouvelle identification, ce qui permet une traçabilité de l’arborescence et du mode de fabrication des échantillons. L’utilisation de lecteurs de codes à barres dans les manipulations permet de limiter au maximum les risques d’erreurs.

L’isolement des lymphocytes du sang périphérique est réalisé sur gradient de densité en ficoll en vue d’une immortalisation ultérieure par infection des lymphocytes B par le virus d’Epstein Barr. Des culots lymphocytaires de plusieurs dizaines de millions de cellules peuvent ensuite être produits en vue de l’extraction ultérieure d’ADN, d’ARN ou de protéines.

Les ADN sont isolés sur des automates permettant leur extraction à partir de sang frais ou congelé, de salive, de tissus congelés ou de culots lymphocytaires, en utilisant la méthode de précipitation au sel. Les ADN sont quantifiés en fluorimétrie et dilués pour obtenir une concentration normalisée.

Les ARN sont extraits de manière semi-automatisée à partir de tissu ou de sang PAXgene congelés par passage sur une membrane de silice. Les ARN sont quantifiés en spectrophotométrie.



Les contrôles de qualité
Un contrôle systématique, de la non-contamination par des mycoplasmes, des lignées conservées ou transmises par des laboratoires extérieurs est réalisé lors de chaque décongelation en vue d’une expansion cellulaire.

Des contrôles de qualité sont réalisés sur environ 20% des ADN traités dans le CRB. Le dépôt des ADN génomiques sur gel d’agarose permet de valider leur non-dégradation. Un test de PCR ou de contrôle du genre permet de vérifier le caractère amplifiable de l’ADN et la correspondance avec les données transmises. Le contrôle de l’authenticité de l’échantillon peut également être réalisé.

La qualité des ARN est évaluée par mesure du RIN (RNA Integrity Number).

Le stockage
Les échantillons biologiques sont conservés :
- dans des congélateurs à -80°C pour les tissus, plasma, sérum, ARN et ADN, sangs en attente d’extraction,
- dans l’azote liquide à -196°C pour les fractions lymphocytaires et lignées cellulaires viables,
- à température ambiante pour les prélèvements de salive stabilisés.

Afin de renforcer la sécurité des matériels biologiques (ADN, PBL ou lignées), ceux-ci sont, dans la mesure du possible, aliquotés en au moins deux tubes et conservés dans deux enceintes réfrigérées distinctes.

Un système automatisé de contrôle et d’enregistrement continu des températures permet la surveillance de tous les équipements de conservation du CRB (température ambiante, 4°C, -20°C, -80°C, -196°C, incubateurs à CO2). En cas de problèmes de température, ce système sécurisé est couplé à une alarme qui engendre une intervention immédiate.

Les échantillons sont conservés dans des pièces dédiées d'accès restreint. Dans le cas où un dysfonctionnement interviendrait dans un des congélateurs, un équipement de secours, en fonctionnement, localisé dans cette même pièce, est utilisé pour sauvegarder les échantillons.
Les cryo-conservateurs de grande taille (15.000-30.000 tubes cryogéniques par conteneur) sont automatiquement alimentés en azote à partir d’un réservoir central et contrôlés par télésurveillance.

Le CRB conserve dans :

  • ses congélateurs à -80°C: environ 232.000 tubes d’ADN, de plasma et de sérum,
  • ses cryoconservateurs à -196°C environ 85.000 ampoules de cellules viables : lignées lymphoblastoïdes et lymphocytes.


La mise à disposition des échantillons
Les matériels biologiques sont distribués conformément à la politique définie dans le cadre de chaque projet et à la réglementation en vigueur. Les envois sont réalisés en respectant les conditions de température appropriées au matériel biologique.

Le réseau du CRB

Le CRB collabore tout particulièrement avec :

  • l’INCa (Institut National du Cancer),
  • l’Institut régional du Cancer Montpellier / Val d’Aurelle,
  • la Fondation Synergie Lyon Cancer
  • l’IFCT (Intergroupe Francophone de Cancérologie Thoracique),
  • l'INSERM,
  • l'AP/HP,
  • le CNG-IG-CEA (Centre National de Génotypage)

Le CRB participe aux réseaux :

Contacter le .


Valorisation des collections

Le projet PHARE / SIGNAL / SIGNAL-ICGC, un exemple de collaboration réussie

La bonne communication entre les différents acteurs ainsi que la collaboration fructueuse et efficace entre les différents partenaires en charge de la collection, du traitement des échantillons, du génotypage et des analyses génétiques ont permis d'obtenir une collection d'échantillons, avec des données associées de qualité, valorisable dans le futur dans le cadre de programmes scientifiques.

L'ensemble des contrôles mis en place tout au long de la constitution de la collection (du prélèvement à la mise à disposition) ont été efficaces, notamment :

  • la bonne information et formation des centres de prélèvements,
  • le recoupement régulier et répété des données enregistrées dans les bases de l'INCa et du CEPH,
  • la traçabilité mise en place par le CRB dès le prélèvement et tout au long du cheminement de l'échantillon (confirmation des doublons attendus, identification de reprélèvements),
  • l'accompagnement du CRB tout au long du projet.

La qualité de l'ADN extrait a conduit à l'obtention d'excellents résultats de génotypage avec 99.5 % des ADN génotypés sur plus de 98 % des marqueurs.

Les publications utilisant les échantillons de la collection
Ferrari A, Vincent-Salomon A, Pivot X, Sertier AS, Thomas E, Tonon L, Boyault S, Mulugeta E, Treilleux I, MacGrogan G, Arnould L, Kielbassa J, Le Texier V, Blanché H, Deleuze JF, Jacquemier J, Mathieu MC, Penault-Llorca F, Bibeau F, Mariani O, Mannina C, Pierga JY, Trédan O, Bachelot T, Bonnefoi H, Romieu G, Fumoleau P, Delaloge S, Rios M, Ferrero JM, Tarpin C, Bouteille C, Calvo F, Gut IG, Gut M, Martin S, Nik-Zainal S, Stratton MR, Pauporté I, Saintigny P, Birnbaum D, Viari A, Thomas G. A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers. Nat Commun. 2016 Jul 13;7:12222. doi: 10.1038/ncomms12222. PMID:27406316

Caractérisation du génome et du transcriptome de 64 tumeurs du sein. Les cancers du sein HER2 ne représentent pas un sous-type intrinsèque mais se retrouvent du phénotype ER+ luminal au phénotype ER- basal avec des altérations du génome correspondant à ces phénotypes.

Nik-Zainal S, Davies H, Staaf J, Ramakrishna M, Glodzik D, Zou X, Martincorena I, Alexandrov LB, Martin S, Wedge DC, Van Loo P, Ju YS, Smid M, Brinkman AB, Morganella S, Aure MR, Lingjærde OC, Langerød A, Ringnér M, Ahn SM, Boyault S, Brock JE, Broeks A, Butler A, Desmedt C, Dirix L, Dronov S, Fatima A, Foekens JA, Gerstung M, Hooijer GK, Jang SJ, Jones DR, Kim HY, King TA, Krishnamurthy S, Lee HJ, Lee JY, Li Y, McLaren S, Menzies A, Mustonen V, O'Meara S, Pauporté I, Pivot X, Purdie CA, Raine K, Ramakrishnan K, Rodríguez-González FG, Romieu G, Sieuwerts AM, Simpson PT, Shepherd R, Stebbings L, Stefansson OA, Teague J, Tommasi S, Treilleux I, Van den Eynden GG, Vermeulen P, Vincent-Salomon A, Yates L, Caldas C, van't Veer L, Tutt A, Knappskog S, Tan BK, Jonkers J, Borg Å, Ueno NT, Sotiriou C, Viari A, Futreal PA, Campbell PJ, Span PN, Van Laere S, Lakhani SR, Eyfjord JE, Thompson AM, Birney E, Stunnenberg HG, van de Vijver MJ, Martens JW, Børresen-Dale AL, Richardson AL, Kong G, Thomas G, Stratton MR. Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences. Nature. 2016 May 2;534(7605):47-54. doi: 10.1038/nature17676.

Séquençage du génome complet de l'ADN issu de 560 tumeurs du sein et des échantillons de sang correspondants. Une grande diversité d'altérations génomiques. Les altérations portent sur 93 gènes parmi lesquels 10 sont altérés de manière récurrente. Cinq nouveaux gènes impliqués dans l'oncogenèse des cancers du sein sont identifiés ou confirmés.

Cox DG, Curtit E, Romieu G, Fumoleau P, Rios M, Bonnefoi H, Bachelot T, Soulié P, Jouannaud C, Bourgeois H, Petit T, Tennevet I, Assouline D, Mathieu MC, Jacquin JP, Lavau-Denes S, Darut-Jouve A, Ferrero JM, Tarpin C, Lévy C, Delecroix V, Trillet-Lenoir V, Cojocarasu O, Meunier J, Pierga JY, Faure-Mercier C, Blanché H, Sahbatou M, Boland A, Bacq D, Besse C, Deleuze JF, Pauporté I, Thomas G, Pivot X. GWAS in the SIGNAL/PHARE clinical cohort restricts the association between the FGFR2 locus and estrogen receptor status to HER2-negative breast cancer patients. Oncotarget. 2016 Oct 14. doi: 10.18632/oncotarget.12669.

Le criblage de l'ensemble du génome de 9500 patientes atteintes de cancer du sein participant à la cohorte SIGNAL/PHARE a permis de restreindre l'association entre le locus FGR2 et le statut de récepteur aux œstrogènes aux seules patientes HER2 négatives.



  
Soutenez
notre action !
15 euros 30 euros
60 euros 90 euros
Autre montant