«Pendant des siècles, la Médecine s’est préoccupée de soigner. Aujourd’hui elle s'est donnée comme but de prévenir plutôt que de guérir.»
Pr Jean Dausset, Prix Nobel de Médecine, 1980
La Fondation Jean Dausset - Centre d’Etude du Polymorphisme Humain participe aux efforts nationaux et internationaux de recherche pour mieux déterminer le rôle du polymorphisme génétique chez l’Homme, tout particulièrement dans les maladies complexes, pour mieux les comprendre, les diagnostiquer et participer au développement d’une médecine personnalisée.

Job offers


2 year Post-doctoral position in Fondation Jean DAUSSET - CEPH



Fondation Jean Dausset - CEPH (Paris) is involved in large research projects (in particular the LABEX GENMED, in order to study causes of complex diseases using high throughput technologies generating large volumes of data.



Job description: immunotherapies came to light in recent years with different successes of treatments against cancer (anti-PD1 et anti-CTLA4 for some forms of melanomas and lung cancers, anti-PD1 against some forms of metastatic colorectal cancers in particular). These different successes are however counter-balanced with a relatively high percentage of non responding treated patients indicating that a more refined stratification for patients to treat could be beneficial for non responding patients. In order to do so, different features associated to treatment response have been reported in the litterature (mutational load, neoepitopic load, the degree of aneuploïdy, etc.). The combination of these different features seems to better predict the response treatment than one feature taken alone. In order to improve the stratification of these patients, we are developing a tool integrating all these different components in order to propose a more refined stratification of patients eligible for immunotherapies. We are thus proposing, in this context, a 2 year GENMED postdoctoral position to contribute to the development of this tool for publication purpose. The recruited person will also participate into the analysis / interpretation of results of ongoing projects for publication purpose.

Required diploma: MSc/PhD in Bioinformatics (preferentially) or related field

Profile of the candidate:
You published at least 2 articles as a first / last author in international peer-reviewed scientific journals within the last 5 years. Besides you have the following skills:

  • proficient with Unix/Linux environment
  • some basic knowledge of biology and genetics
  • demonstrated skills in writing scientific articles
  • highly proficient in at least one programming language (perl, R, python, java, c, c++ )
  • proficient in algorithmics and distributed programming
  • good knowledge of standard bioinformatics methods and softwares
  • solid knowledge in statistics
  • good communication skills
  • Autonomous, rigorous, you enjoy learning and like challenges
  • knowledge in relational databases

The following skills are good to have for this position:

  • experience with non relational databases
  • proficiency with deep learning
  • proficiency with GPU programming

A first experience of at least 3 years in Next Generation Sequencing data analysis is required. Please send CV, cover letter along with 2 letters of recommendation (or references) to



Permanent researcher position in Fondation Jean DAUSSET - CEPH



Fondation Jean Dausset - CEPH (Paris) is involved in large research projects (in particular the LABEX GENMED, in order to study causes of complex diseases using high throughput technologies generating large volumes of data.



Job description: to reinforce the bioinformatics team in Fondation Jean DAUSSET - CEPH, a permanent position is opened. The recruited person will participate into the data analyses (NGS) of different ongoing projects (cancers, longevity in particular) and will be asked to:

  • set up pipelines and in particular:
    - selecting / testing new bioinformatic tools
    - do scientific monitoring
  • create original analysis tools based on genomics data for publication purpose
  • do the analyses / interpretation of results for publication purpose

Required diploma: MSc/PhD in Bioinformatics (preferentially) or related field

Profile of the candidate:
You published at least 2 articles as a first / last author in international peer-reviewed scientific journals within the last 5 years. Besides you have the following skills:

  • proficient with Unix/Linux environment
  • some basic knowledge of biology and genetics
  • demonstrated skills in writing scientific articles
  • highly proficient in at least one programming language (perl, R, python, java, c, c++
  • )
  • proficient in algorithmics and distributed programming
  • good knowledge of standard bioinformatics methods and softwares
  • solid knowledge in statistics
  • good communication skills
  • Autonomous, rigorous, you enjoy learning and like challenges
  • knowledge in relational databases

The following skills are good to have for this position:

  • experience with non relational databases
  • proficiency with deep learning
  • proficiency with GPU programming

A first experience of at least 3 years in Next Generation Sequencing data analysis is required. Please send CV, cover letter along with 2 letters of recommendation (or references) to

Offre de stage

Stage Master 2 de Bio-informatique (année universitaire 2017-2018)


Sujet: Identification et stratification quantitative des aberrations chromosomiques récurrentes dans différents types de cancers humains par aCNViewer à partir de données publiques

Les cancers humains peuvent être caractérisés par différents niveaux d'instabilités génomiques où des chromosomes (partiels ou entiers) peuvent subir de façon récurrente un réarrangement, une délétion ou une amplification pouvant dépendre du type, du stade ou du grade des tumeurs. Ces aberrations chromosomiques ont été longuement caractérisées pendant près de 50 ans par différentes méthodes qui sont devenues de plus en plus résolutives, incluant la cytogénétique, l'hybridation génomique comparative (CGH), le génotypage haut débit de SNPs et plus récemment le séquençage de 2ème génération (NGS). Si le CGH ne permet que l'identification des variations relatives du nombre de copies des chromosomes (CNVs), le génotypage haut débit et le NGS permettent de déterminer le nombre absolu de CNVs ainsi que les événements neutres de perte d'hétérozygotie (cn-LOH). L'identification de ces évènements est rendu possible par le biais de différents algorithmes pouvant prédire également dans certains cas la ploïdie moyenne de la tumeur et/ou le pourcentage de contamination de la tumeur par de l'ADN constitutionnel. Ces algorithmes n'incluent généralement pas d'options pour la visualisation des CNVs et des cn-LOH par groupes d'échantillons permettant d'identifier les événements récurrents. D'autres outils ont été développés pour la visualisation simultanée des CNVs dans différents échantillons individuels ou groupés mais ne représentent les aberrations chromosomiques que de manière relative (gain ou perte), conduisant à une perte d'information.

aCNViewer (https://github.com/FJD-CEPH/aCNViewer) est un logiciel de visualisation développé récemment à la Fondation Jean Dausset - CEPH par le laboratoire de Bio-informatique (Victor Renault) et de Génomique (Alexandre How-Kit) permettant la représentation pangénomique du nombre absolu des CNVs (gain ou perte du nombre précis de chromosomes) et des cn-LOH dans des groupes d'échantillons permettant l'identification d'événements récurrents (article soumis). Il inclut tout un pipeline bio-informatique de traitement des données brutes qui s'appuie sur le nombre absolu des CNVs et des cn-LOH identifié avec les algorithmes ASCAT et Sequenza pouvant traiter respectivement des données de SNPs ou des séquences NGS. Les résultats d'ASCAT et de Sequenza sont ensuite convertis par aCNViewer en une matrice de CNVs et de cn-LOH selon une longueur de segment choisie qui donne la résolution de la représentation et utilisée pour la production de dendrogrammes, de heatmaps bi-dimensionnels et d'histogrammes de fréquence des CNVs et des cn-LOH dans un groupe d'échantillons tout en préservant l'information quantitative des CNVs, permettant ainsi l'identification d'événements récurrents précis.

Le stage de Master 2 (6 mois) proposé vise à ré-analyser avec aCNViewer un ensemble de données de génotypage et de séquençage haut-débit de différents types de cancers présentes dans des bases de données publiques (ICGC, TCGA.) afin d'identifier les aberrations chromosomiques récurrentes tout en préservant l'information de la quantification absolue des CNVs qui était absente des études précédentes. Cette ré-analyse conservative et précise des aberrations chromosomiques pourrait ainsi permettre d'identifier de nouveaux évènements récurrents dans les différents types de cancers étudiés qui pourraient s'avérer important pour la stratification moléculaire des tumeurs ou pour la compréhension du développement de la maladie. Il est prévu que ce projet débouche sur une publication d'un article scientifique auquel le stagiaire sera associé à hauteur de sa contribution.

Encadrants :

  • Victor Renault, Laboratoire de Bio-informatique, Fondation Jean Dausset - CEPH
  • Alexandre How Kit, Ph-D., Laboratoire de Génomique, Fondation Jean Dausset - CEPH

Prérequis Etudiant :

  • Maîtrise de l'environnement Unix/Linux obligatoire
  • Expérience significative en programmation (perl, python, java, c...) indispensable

Envoyer CV, lettre de motivation ainsi qu'au moins 2 lettres de recommandation à recrut1@cephb.fr

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